亲政府的少量部队无应变准备，仓促上阵，一触即溃，市内很多战略要地很快丢给了政变部队。政变部队迅速拿下了警察局，接着兵分两路，一路向总统府方向前进，另一路奔向总统官邸。驻守在以上两地的士兵拼命抵抗，但都无济于事，终于在2月3日凌晨4点半左右宣布投降，总统斯特罗斯纳被捕。在此一个钟头之前，政变最高领导人罗德里格斯已在“独立电台”和“3月1日电台”上宣布：“武装部队正在捍卫巴拉圭的正义事业。我们所做的一切都是为了在巴拉圭实现民主，是为了维护我们的基督教。”
2月3日上午7点半稍过，罗德里格斯宣布，斯特罗斯纳已投降，武装部队已控制了全国形势，新的政府将在几个钟头之内成立。当天下午，罗德里格斯在一批高级军官面前宣誓就任巴拉圭临时总统，并宣布了新内阁成员名单。罗德里格斯同时宣布，90天之后举行正式大选，通过全民投票的方式，产生新的国家总统。在谈到这次政变时，罗德里格斯宣布双方有50人伤亡，并不像外电所宣传的死伤200人。
巴拉圭新政府成立
斯特罗斯纳被软禁3天之后，新政权网开一面，让这位前独裁者带着亲友30多人乘飞机到巴西过流亡生活，统治巴拉圭长达35年的斯特罗斯纳政权宣告结束。1989年5月1日巴拉圭举行大选，罗德里格斯正式当选为总统，巴拉圭开始了一个新的时期。