佩德拉里亚斯阴险地同意了。要是巴尔博亚在冒险中遭难更好；要是他的事业成功，那么总会有时间除掉这个沽名钓誉的人。
于是巴尔博亚开始了他的新的逃亡，向名垂千古逃去。他的第二次行动也许比第一次更伟大，即使历史上未赋予第二次行动以同样的荣誉，但历史总是歌颂成功的人，这一次，巴尔博亚不仅率领自己的士兵穿过地峡，而且还让数干名土著居民将建造四条双桅帆船用的木料、木板、帆、锚、绞盘等都运过崇山峻岭。因为他若在那里有了舰队，往后便能占领所有海岸，征服所有珍珠岛和传说中的比鲁。但这次命运是反对敢于冒险的人的，他不断遭到新的抵抗，在穿过潮湿的热带丛林的行军路上，蛀虫蛀坏了木头，木板都烂得无法使用。巴尔博亚毫不气馁地在巴拿马湾又砍伐了一些新的木材，制作了一些新的木板。他的干劲创造了真正的奇迹——一切似乎都很顺利，太平洋的第一批双桅帆船也已造好。这时，一场龙卷风突然把停泊着已造好的双桅帆船的河水全部卷走。已造好的船只都被撞毁在海里。必须第三次从头开始。现在终于又造好了两条双桅帆船。巴尔博亚还需要两条、三条、以至更多，才能出发去征服一个国家——自从那个酋长当时用那宽大的手指向南方和他第一次听到那诱人的“比鲁”一词以来，他梦寐以求的国家。虽然几个胆大的军官来要求发给士兵们较好的补给品，他还是能建立起自己的国家！虽然只有几个月的时间，但幸亏有了这种内在的大无畏的精神，世界历史才没有将皮萨罗，而是将巴尔博亚称为印加入的战胜者，秘鲁的占领者。死亡