在对地方的食品安全监管方面，我国一直在省以下垂直管理和属地管理之间徘徊。但改革的实践结果表明，这两种管理制度问题重重，优势难以有效发挥，无法实现有效监管。
1999年起，我国工商、质监、药监（药品食品监管部）部门开始实行省以下垂直管理，即省以下机构人事、财务、预算、资产业务等归属省级机构直接管理，不再对当地政府负责。此时中央与省级监管机构之间是业务指导关系。但由于农业、卫生等部门和15个副省级城市仍然按照属地管理的原则由当地政府进行管辖，所以严格来讲，省级以下垂直管理并未得到完全实行，只能称为半垂直管理，其优势并没有得到有效发挥。实行省级以下垂直管理在提高人员素质和业务能力、保障监管经费、抵制地方保护主义、增强监管执法的权威和震慑力方面起到了积极作用。省级以下垂直管理在执行中暴露了突出问题：第一，遭遇地方政府的不配合。地方政府不愿为监管机构提供办公场所，地方法院和公安部门不愿协助进行食品安全监管执法活动。第二，一刀切和收支两条线的财政管理导致监管不力，严重削弱政府公信力。省级财政忽视各个地方经济发展的不平衡性向不同地区统一支付等额的职工工资和福利待遇、工作经费，使得经济发达的市、县人员待遇下降，经费常常入不敷出，打击了监管人员的工作积极性，阻碍了监管活动的范围和力度。财政上收支两条线的管理制度要求市县级先要将其罚没费用上缴省级财政部门，省级财政部门再根据上缴金额按照一定比例返还。也就是说，基层监管机构得到经费的多少与其罚没数额直接挂钩。基层监管机构为了获得足够的经费就得多罚款多收费，于是就频繁地检查经济效益好的企业，不仅使企业的正常生产秩序受到干扰，而且也导致监管资源的浪费。而对于确实违法的企业，监管部门因担心其由于过高的罚款而无力生产经营，则会适当降低罚款额度，而对那些小作坊、小企业、小摊点，则常常疏于监管。执法重复、执法不公、惩罚不力、监管疏漏，导致食品安全事故时有发生，政府权威和公信力被严重削弱。