冯异见到印章后，赶紧向来使谢罪，后又专程赶到洛阳，向刘秀上书表明心迹，称其日夜思念朝廷，希望能被召回，并一再表明自己被称为“咸阳王”，只是人们对他的戏称，当不得真。
刘秀看到冯异如此，才知道自己误会了冯异，便下诏书安慰冯异道：“站在国家的层面，你我虽是君臣关系，但你我之间的恩情却像是父子一般，又怎么会有其他想法呢？是我误会了你啊！”冯异听后，心中颇为感激，以后更是坚定了报效朝廷的决心。
不仅如此，刘秀在用人方面也深知每个将领的特点，还经常根据他们各自的特点对其进行任用，如手下的大将贾复，位列云台二十八将的第二位。此人作战虽然骁勇，却缺乏谋略，极易产生轻敌之心。因此，每次有战事的时候，刘秀只是让贾复在有谋略的大将手下做副将，而不是让他当主将。从表面上看，好像是刘秀不重用贾复的样子，实际上则是为了保护他。
如有一次，贾复在真定与农民起义军作战时，因轻敌深入而中了埋伏，还为此受了重伤。当刘秀看到从战场上被抬下来的贾复时，还以为贾复阵亡。他非常伤心地对贾复说道：“我之所以不让贾将军自领一军，就是怕你过于轻敌而出事，果然不出我所料，恐怕我将要失去一名得力干将了，这怎能不让我痛心呢！我听说你的妻子怀孕了，假如她生下的是男孩的话，那他将来就是我的女婿；但若生下的是女孩的话，那她将来就是我的儿媳妇，你也不必再为自己的儿女之事担忧了。”贾复听后非常感动，最后竟然从死亡的边缘挣扎回来，奇迹般地康复了。之后，他打仗就更加勇敢了，而且还屡建奇功，成为了二十八将中少数罕有败绩的将军。